Деление расстройств по наличию или отсутствию органического субстрата болезни во многом условно, но имеет определенный клинический смысл.

Органические психические расстройства — включают признаки органического поражения головного мозга, т.е. в этих случаях параклиническими методами возможно выявить изменения мозговых структур или, отражающие их нейрофизиологические нарушения. Такие изменения (например, изменение структур головного мозга по данным МРТ, изменение электрической активности по данным ЭЭГ и пр.) можно использовать для диагностики расстройства у конкретного больного.

Функциональные психические расстройства — не включают признаки органического поражения головного мозга, т.е. современными параклиническими методами у конкретного больного не удается выявить достоверной патологии мозговых структур, которую можно было бы использовать для диагностики. Причина болезни в этих случаях заключается либо в функциональных (обратимых) нейрохимических изменениях в головном мозге (т.е. в изменении количества нейротрансмиттеров, веществ, ответственных за передачу нервного импульса между нейронами; например, увеличение количества дофамина в определенных зонах мозга приводит к появлению галлюцинаций и бреда, а снижение уровня серотонина и норадреналина в других зонах — к развитию депрессии), либо так же в органических изменениях головного мозга, которые выражены недостаточно для их использования в качестве диагностического признака (т.е. на сегодняшний день они не могут использоваться для диагностики в практической медицине у конкретного больного), в т.ч. присутствующих на ультраструктурном уровне и/или затрагивающих межклеточное взаимодействие (уменьшение количества отростков нервных клеток, синапсов, нервных трактов, связывающих разные мозговые структуры и пр.).

Например, доказано, что для шизофрении характеры структурные атрофические изменения в головном мозге (более того, он прогрессируют в динамике заболевания), однако, их выраженность мала, а вариабельность размеров структур мозга в популяции здоровых людей велика, что делает невозможным использование этих изменений в качестве маркера болезни (т.е. при сравнении 100 больных шизофренией и 100 здоровых можно выявить статистически значимое уменьшение размеров ряда отделов головного мозга у больных шизофренией, но у одного, конкретного, больного подобные изменения слишком малы, чтобы говорить о том, что они являются следствием болезни, а не природными свойствами мозга этого конкретного человека).

В связи с условностью данного разграничения, в современных классификациях термин «органические» психические расстройства либо не используют совсем, либо используют с оговорками, подчеркивающими, что выделение этих расстройств не подразумевает, что другие расстройства, отнесенные к функциональным, не имеют какой-либо органической основы.